Foi em 1896 que, por Decreto de 16 Setembro, assinado pelo Rei e por João Franco, foi criado o Liceu de Guimarães. Esse Decreto refere, no seu art°. 2o, que o Liceu de Guimarães, "organizado como Liceu Nacional, sem prejuízo do ensino Preparatório para o Curso Eclesiástico ali ministrado". No art°. 3o, decide-se que "haverá para cada ano letivo duas matrículas diferentes: a dos alunos que se destinam á carreira eclesiástica e a dos que se destinam ás carreiras civis". O Liceu foi oficialmente agregado ao Seminário, ficando a cargo da Câmara Municipal suportar o natural aumento das despesas daí decorrentes.
A orientação do Liceu foi confiada à Colegiada da Oliveira, que já dirigia o Pequeno Seminário, e o Reitor do Liceu seria o vice-Reitor do Seminário. O primeiro Reitor do Liceu Nacional de Guimarães foi o Dr. Manuel de Jesus Pimenta, irmão do Vice-Reitor do Seminário de Braga, o Dr. João Nepomoceno Pimenta.
Os professores do Liceu seriam Cónegos e outros, “nomeados por concurso”, que receberiam uma “gratificação de exercício”.
As aulas seriam comuns a todos, seminaristas ou não, podendo contudo os Seminaristas optar por frequentar as disciplinas de Inglês ou Alemão.
Os alunos destinados à vida eclesiástica passaram, a partir de logo, a instalar-se no Internato dos Seminaristas, que funcionava no edifício do Priorado.
Aos Seminaristas, foi reconhecida pelo Arcebispo de Braga a possibilidade de usarem vestes eclesiásticas semelhantes às trajadas pelos outros Seminaristas do arcebispado, com a especificidade de usarem uma distinção: colocarem uma bola verde no barrete. O edifício do extinto Convento de Santa Clara foi dado como pertencendo exclusivamente ao Pequeno Seminário de Nossa Senhora da Oliveira, continuando os seus bens e rendimentos a ser propriedade da Igreja, sob administração do Prelado da Diocese.
O Seminário de Nossa Senhora da Oliveira, ainda instalado no palacete da Praça de Santiago (entre 1891 e 1896), já aceitava alunos não seminaristas para fins de cursarem o Liceu, pelo que funcionou ao mesmo tempo como Seminário e Liceu de Guimarães. Foi exatamente o primeiro edifício do Liceu. O segundo, foi o extinto Convento de Santa Clara, que serve atualmente de Câmara Municipal (1896-1961). O terceiro edifício foi, e é, o da Escola Secundária Martins Sarmento (de 1961 até aos dias de hoje).
O ano de 1896 é, assim, mais uma data de relevo na história dos Estudantes de Guimarães.
Texto elaborado com base em Guimarães e as Festas Nicolinas, de Lino Moreira da Silva (Guimarães, A.A.E.L.G., 1991), que cita, para essa parte, as seguintes fontes: jornal Comércio de Guimarães, de 16.11.1891, de 29.04.1897, de 03.05.1897; João Lopes de Faria, Velharias (manuscrito da Sociedade Martins Sarmento, pp. 231-23lv); Manuel Alves de Oliveira, História da Real Colegiada de Guimarães, Guimarães, 1978, p. 129.

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